Professor auxiliar convidado da Faculdade de Teologia da UCP. Doutor em Ciências Históricas pela UCP. Tem lecionado diversas unidades curriculares na área da História Moderna e Contemporânea, Teorias da História, Cristianismo e Cultura e Doutrina Social da Igreja em várias Faculdades da UCP (desde 1987/1988). É professor e membro da Comissão Diretiva do PIUDHist - Programa Interuniversitário de Doutoramento em História (desde 2008/2009). É docente convidado nos 2.º e 3.º ciclos de estudos em "História e Cultura das Religiões" na Faculdade de Letras da UL (desde 2010/2011). É diretor (2014-) e investigador integrado do Centro de Estudos de História Religiosa (CEHR-UCP). É diretor da revista Lusitania Sacra (2014-). É membro de diversas instituições sociais e eclesiais, tendo integrado a Comissão Nacional Justiça e Paz (1998-98, 2006-2008). Tem publicado sobre temas de história social e religiosa de Portugal, com destaque para a colaboração no "Dicionário e na História Religiosa de Portugal" (Círculo de Leitores; 2000-2002), "Dicionário de História de Portugal: Suplemento (Figueirinhas (2006),  Elites católicas em Portugal: o papel da Acção Católica Portuguesa (1940-1961)" (FCT, FCG,2011) e "Apostolado de Adolescentes e Crianças em Portugal: História de um Movimento" (CEHR-UCP, 2017).
Outras

Apostolado de Crianças e Adolescentes em Portugal: história de um movimento

Paulo Fontes 2017.
Capítulo de Livro

O Movimento de Apostolado de Adolescentes e Crianças (MAAC), a Igreja católica e a sociedade portuguesa contemporânea

Paulo Fontes 2017. Apostolado de Crianças e Adolescentes em Portugal: História de um Movimento
Capítulo de Livro

Memória e História: as Crónicas de Susan Lowndes

Paulo Fontes 2016. Catolicismo em Portugal: Crónicas de Susan Lowndes, correspondente britânica (1948-1992)
Livro

Apresentação

Paulo Fontes (with Fontes, P.). 2015. Lusitania Sacra
Outras

Base de Dados de Organizações Católicas em Portugal no Século XX

Paulo Fontes 2014.
Livro

Presentation | Apresentação

Paulo Fontes (with Fontes, P.). 2014. Lusitania Sacra
Livro

Elites católicas em Portugal: o papel da Acção Católica Portuguesa (1940-1961)

Paulo Fontes 2011.
Outras

Misericórdias e secularização num século turbulento (1910-2000), vol. 9, tomo 2

Paulo Fontes 2011.
Outras

Misericórdias e secularização num século turbulento (1910-2000), vol. 9, tomo 1

Paulo Fontes 2010.
Outras

Arquivística e arquivos religiosos: contributos para uma reflexão

Paulo Fontes 2000.